: Dr.

  • Genetik bilginin yorumlanmasında ve proteinleri ile ilişkilerinin incelenmesinde son yıllarda büyük gelişmeler kaydedildi.
  • Moleküler biolojinin merkezi : DNA, RNA VE PROTEİN arasındaki ilişkiler ile “replikasyon”, “transkripsiyon” ve “translasyon” süreçleri.
  • Yalnızca araştırma alanında değil, akciğer hastalıklarının tanı ve tedavisinde (yeni aşılar, yeni tedavi yöntemleri ve gen tedavileri) de rolleri saptandı.
  • GÖĞÜS CERRAHI’NIN HASTASINI DOĞRU DEĞERLENDİRMESİ’NDE KULLANILAN “MOLEKÜLER DİLİ” BİLMESİ DE ÖNEMLİ.
  • Kanser, İnterstisyel Akciğer Hastalıkları, İnfeksiyonlar : Başlıca Konular.

Prensipler

  • DNA: Çift sarmallı “sağa el gibi dönen”, “şeker-fosfat” iskeletine sahip anti- nükleotid dizileri.
  • Kromozom: Hidrojen bağları ile bağlı kompakt-düzenli üniteler.
  • RNA: DNA’dan çok daha .
  • DNA …..> Transkripsiyon……> ….> Posttranskripsiyonel modifikasyon (intronlar kesilir)……..> Ribozomlar……> Protein.
  • Gen Transkripsiyonu: Transkripsiyon faktörleri ve promoter ile yönetilir.
  • TÜM DNA’NIN ÇOĞUNLUĞU “” BÖLÜMDEN OLUŞUR.
  • KİŞİLER DEĞİŞKENLİK: Genetik Polimorfizm
  • RNA’YA ÇEVRİLMEYEN DNA’ BİR KISMI: “MİKROSATELLİT” LERİ OLUŞTURUR.
  • Mikrosatellitler “Bağlantı Analizi”nde kullanılır.
  • Miksosatellit “instabilite” : DNA tamir enzimlerinin hatası ile oluşur. (Akciğer kanserinde de bulunur).

Hibridizasyon Teknikleri

  • DNA ya da RNA ile yapılır.
  • “Prob” gereklidir.
  • “Nitroselüloz” kağıt ya da “naylon ” da yapılır.
  • “Southern” Blotting
  • Test sistemleri ve kitler halinde de bulunur.
  • “Restriksiyon Endonükleazları” önce kullanılır.
  • ” PCR” ile de önce çoğaltılabilir.
  • RT- PCR ile RNA, önce DNA’ya dönüştürülür. “Northern blotting” e göre çok daha az örnek gerektirir, yapılması çok daha kolaydır.
    Çok daha az bulunan genleri gösterebilir, genin kopya sayısının belirlenmesini sağlayabilir.
    ÖRNEK: c-erb b2/HER2/neu amplifikasyonunu gösterebilir.
  • Hepsi için “Nükleik asid” ekstraksiyonu gerekir.
  • FISH: “Heterozigotluk kaybı’nı” göstermek için kullanılır.
    Örnek: M. Tuberculosis’de rifampicin direncini oluşturan ‘rpoB’ genini saptamada kullanılmış (Kenonen ve ark. 1998).

Moleküler Teşhis Yöntemlerinin Akciğer Hastalıklarında Uygulamaları

LİNKAGE ANALYSIS:

  • Kişiler arasındaki DNA farklılıklarını göstermekte kullanılır.
  • Kistik Fibrosis (Tekrarlayan akciğer infeksiyonu, pankreas yetmezliği, anormal mukus üretimi) 1/2000 oranında saptanır.
  • 200’den fazla mutasyonu saptandı.
  • Bir mutasyon kuzey avrupa ve amerika halklarının %85 KF olgusunda bulunur.

IN SITU HİBRİDİZASYON:

  • Küçük Hücreli Akciğer Ca’da (KHAK)nöroendokrin özelliklerin (örn: bombesin sentezi için RNA) saptanmasında kullanılıyor.
  • Legionella infeksiyonu’na hassas.
  • KHAK’da myc sayısını saptar.

KANTİTATİF PCR:
Akciğer kanserinde onkogen ekspresyonundan, pnömonitis’lerde, viral etyolojinin ve miktarının saptanması için kullanılır.
Kotsimbos ve ark. 1997: Akciğer transplantlarında CMV yükünü gösterdiler.

Hastalıklarda Rolleri: Kanser

  • Onkogenler, anti-onkogen’lerin kaybı, sitogenetik anomaliler, kansere yatkınlığın incelenmesi. (pcr ve lınkage analysıs ile).
  • Li ve ark (1988): p53 mutasyonunun olduğu li-fraumeni sendromunda akciğer ca gelişebilir.
  • Tüm sigara içicilerinin sadece %10’unda akciğer kanseri gelişir. Neden?
    1. Coparaso ve ark (1989): debrısoquıne’I hızlı metabolize eden kişilerde risk 4 kat yüksek.
    2. To-fıgueras ve ark (1996): gst m1 düşük ya da yok ise: risk yüksek.
  • Sporadik akciğer kanserlerindeki genetik değişiklikler:
    1. k-ras mutasyonu: tüm akciğer ca’ların %30-50’sinde bulunur. (adeno’da epidermoid’e göre çok daha fazla, bronkioloalveoler’de az, khak’de yok. ) gtpase aktivitesinde mutasyon mevcut.
    2. k-ras (+)ise Prognoz kötü.
  • l-myc genotipleri riski belirleyebilir.
  • C-myc khak’de kötü prognostik faktör.
  • C-erb-b2/her-2/neu: tirozin kinaz aktiviesi. khdak’de %35 bulunur. Kötü prognostik faktör.
  • Map kinaz’lar’dan mkp-1: programlanmış hücre ölümünü inhibe eder. Tümör evre ve grade’inin ilerlemesini sağlar.
  • Heterozigotluk kaybı: daha çok tümör-baskılayıcı genlerin kaybolması ile oluşur.
  • P53: genomun gardianı.
    1. Mutasyonu %50 KHDAK’de KHAK’nin %100’ünde bulunur.
    2. Sigara, p53’ün belirli bir segmentine yönelik mutasyon oluşturur (caamano ve ark. 1991)
    3. Daha kötü prognoz, daha ileri evre’yi işaret eder.
    4. Serumdaki seviyeleri de kaciğer ca’da prognozu belirleyebilir.
    5. Subklinik ve subpatolojik lenf nodu metastazlarını gösterebilir.
  • 3p’de heterozigotluk kaybı görülür: kötü prognozu gösterir. Khak’te %90-100 saptanır.khdak: %50 -80.
  • 9p’de saptanır.
  • p16: Mezotelioma’da çoğunlukla bulunur.
  • p27: sikline bağlı kinase inhibbitörü. %85 KHDAK’te düşük bulunur. Kötü prognozu ve ile ileri tümör Grade’ini işaret eder.
  • Malign mezotelioma’da WT1 ekspresyonu kaybolur. Bu, wılms tumörleri dışında çok nadir görülür.
  • Kromozom translokasyonları da nadir olmakla birlikte saptanabilir: t (11;22) (q24;q12) nöroendokrin diferansiyonda.

Tarama ve moleküler belirteçler:

  • Erken akciğer kanserinin tedavisinde dahi ortalama 5 yıllık sağkalım %50 civarındadır.
  • Mao ve ark: akciğer kanseri ortaya çıkmadan yıllar önce, balgamda p53 ve ras geni mutasyonları görülür.
  • Qi chen (1996): kHAK’de, plasma Dna’sında mikrosatellıte ınstabılıty saptanır.
  • pre-invazif lezyonlarda 3p kaybı saptanır.
  • 9p ve 17p kaybı: preneoplastik lezyonlarda saptanır. (kıshımoto ve ark. 1995)

DNA Uyumsuzluğu Tamir Genleri

ÇOK İYİ KORUNMUŞ DNA TAMİR GENLERİ, GENETİK MATERYALİN BÜTÜNLÜĞÜNÜN SAĞLANMASINDA ÇOK ÖNEMLİDİR. BUNLARDAKİ MUTASYONLAR, BİR ÇOK GENDE OLDUĞU GİBİ, KANSER İÇİN ÇOK ÖNEMLİ BİR HIZ SINIRLAYICI BASAMAK OLAN “BÜYÜME-BÖLÜNME DÜZENLEYEN GENLERDE” DE HASARLARIN TAMİR EDİLEMEMESİNE YOL AÇABİLİR.

BU DA “MICROSATELLITE INSTABILITY” OLARAK GÖRÜLÜR. (MİcROSATELIT’LER: HER BİREYDE BİRAZ FARKLI OLAN VE DNA TAMİRİNİN NE KADAR YAPILDIĞININ GÖSTERGESİDİRLER):

  • KHDAK’DE SIK OLARAK GÖRÜLÜR.
  • BİRDEN FAZLA PRİMER KANSERİN HABERCİSİ OLABİLİRLER.
  • AİLESEL KANSER SENDROM’LARINDA SAPTANIRLAR.
  • BULUNMASI KÖTÜ PROGNOZ VE BİRDEN FAZLA KÖTÜ PROGNOSTİK ONKOGEN AKTİVASYONUNU İŞARET EDER.

Klonalite

HÜCRELERİN GENETİK OLARAK BENZERLİĞİ YA DA EŞLİĞİ’DİR.

SINIRDA MALIGN LEZYONLARI, BENIGN LEZYONLARDAN AYIRMADA KULLANILABİLİR.

ÖRNEK: BENİGN AKCİĞER ATİPİK LENFOPROLİFERASYON İLE LENFOMA AYIRIMI. “FLOW-CYTOMETRY” İLE SAPTANABİLİR.

KARYOTİPİK ANOMALİLER, GENE RE-ARRANGEMENT’I, KARYOTİPİK ANOMALİLER, TRANSLOKASYONLAR, ONKOGENLERDE NOKTA-MUTASYONLARI, VIRAL DİZİLERİN VARLIĞI (ÖRN: EBV’NİN EPİZOMAL DİZİSİ), HETEROZİGOTLUĞUN KAYBI İLE DE GÖSTERİLEBİLİR.