Ökaryotik hücre yapısında olmaları nedeniye selektif toksik etki göstermek güç olduğundan antifungal etkili sınırlı sayıda kemoterapötik bulunmaktadır. Antifungal kemoterapötiklerin etkileri fungusit ya da fungistatik olabildiği gibi bir iki tür mantara etkili dar spektrumlu ya da çok sayıda mantara etkili geniş spektrumlu olabilirler.
Polyen’lerin etkisi hücre zarının K+, Na+ ve H+ iyonlarının geçirgenliği üzerindedir. Buetkinin zardaki ergesterol ile birleşik oluşturarak oluştuğu kanısı vardır. Memeli hücre membranlaındaki temel sterollerin kolesterol, mantarlardakine ise ergesterol yapısında olmaları seçici toksik etkinin temelidir.
İmidazole’lerinetkisinin mantarlardakiergosterollerin oluşumunu önleyerek olduğu kabul edilir, bunun sonucunda hücre  zarında destürksiyon, hücre içi katyonlarda protein, aminoasit ve nükleotidlerinde eksilme, glikoliz metabolizmasında bozulmalar olur.
İmidazollerden micanazole ve ketoconazole lipofilik olmaları, kolay metabolize edilmeleri ve toksik olmaları nedeniyle sistemik manar enfeksiyonlarında kullanım alanı sınırlıdır.Buna karşın yine bir imidazol türevi olan fluconazole daha az toksik ve daha geniş spektrumlu olup ağız yolu ile de etkili olabilen bir antifungal olarak yerini almıştır.
5-Flucytosine ‘in  hücre bölünmesini engelleyici etkisinin yanı sıra, miktarına bağlı olarak mayalar üzerinede fungisidal etkisi vardır. Mantar  RNA’larının yapısının bozulmasına yol açarak protein ve karbonhidrat sentezi engellenir.
Griseofulvin’in etki mekanizması kesin olarak anlaşılmış değildir.Hifin hücre duvarı oluşumunu engeller. Ayrıca RNA’ya bağlanarak nükleik asit sentezini etkilemek suretiyle etkili olduğu görüşü vardır.