Probiyotikler insan ve hayvanların bağırsak sisteminin mikrobiyal dengesini iyileştirerek yararlı etkiler göstermektedir. mikroorganizmalar, büyük grup olan bağırsak sistemi florası ile rekabet etmek zorundadır. sistemde bulunan mikrobiyal üzerine bir etki yapabilmek için mikroorganizmalar bir metabolizmaya sahip olmalıdır. Probiyotiklerin etki mekanizmaları için özellikle üç mekanizma önerilmektedir.

1) Patojen ve zararlı bakterilerin sayılarını azaltmak

a)      Antimikrobiyal bileşikler üretmeleri

b)      elementleri için rekabet etmeleri

c)      Kolonizasyon bölgeleri için rekabet etmeleri

2) Mikrobiyal metobolizmayı (enzimatik aktiviteyi) değiştirmek

a)      Sindirim sistemini teşvik enzimlerin üretimi (örneğin laktoz)

b)      , enzimlerin üretiminin azalması

c)      Bağırsak duvarının fonksiyonlarının iyileştirmesi

3) Bağışıklık sistemini iyileştirmek

a)      Antikor düzeyinin artması

b)      Makrofaj aktivitenin artması.