Probiyotikler esas olarak laktik asit bakterileridir. Yoğurt yapımında kullanılan mikroorganizmalar. (Lactobacillus bulgaricus ve Streptococcus thermuphilus ) dışında tüm laktik asit bakterileri bağırsak flurası elemanlarıdır. Bir probiyotik ürün bu mikroorganizmalardan birini ya da birkaçını içerebilir. İçerdiği mikroorganizma sayısı arttıkça probiyotiğin kullanım alanı genişlemektedir. Probiyotik olarak kullanılan mikroorganizmalar Tablo.2.1’de verilmiştir 

Tablo.2.1 Probiyotik Olarak Kullanılan Mikroorganizmalar

Lactobacillus türleri

Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus cellebiosus

Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus lactis

Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus reuteri

Lactobacillus brevis, Lactobacillus casei

Lactobacillus curvatus, Lactobacillus fermentum

Lactobacillus plantarum, Lactobacillus johnsonii

Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus

Lactobacillus salivarius, Lactobacillus gasseri

Bifidobacterium türleri

Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium bifidum

Bifidobacterium breve, Bifidobacterium infantis

Bifidobacterium longum, Bifidobacterium thermophilum

Bacillus türleri

Bacillus subtilis, Bacillus pumilus, Bacillus lentus

Bacillus licheniformis, Bacillus coagulans

Pediococcus türleri

Pediococcus cerevisiae, Pediococcus acidilactici

Pediococcus pentosaceus

Streptococcus türleri

Streptococcus cremoris, Streptococcus thermophilus

Streptococcus intermedius, Streptococcus lactics

Streptococcus diacetilactis

Bacteriodes türleri

Bacteriodes capillus, Bacteriodes suis

Bacteriodes ruminicola, Bacteriodes amylophilus

Propionibacterium türleri

Propionibacterium shermanii,

Propionibacterium freudenreichii

Leuconostoc türleri

Leuconostoc mesenteroides

Küfler

Aspergillus niger, Aspergillus oryzae

Mayalar

Saccharomyces cerevisiae, Candida torulopsis