Probiyotikler insan ve hayvanların bağırsak sisteminin mikrobiyal dengesini iyileştirerek yararlı etkiler göstermektedir. Bu mikroorganizmalar, büyük bir grup olan bağırsak sistemi florası ile rekabet etmek zorundadır. Bu sistemde bulunan mikrobiyal flora üzerine bir etki yapabilmek için mikroorganizmalar belli bir metabolizmaya sahip olmalıdır. Probiyotiklerin etki mekanizmaları için özellikle üç mekanizma önerilmektedir.

1) Patojen ve zararlı bakterilerin sayılarını azaltmak

a)      Antimikrobiyal bileşikler üretmeleri

b)      Besin elementleri için rekabet etmeleri

c)      Kolonizasyon bölgeleri için rekabet etmeleri

2) Mikrobiyal metobolizmayı (enzimatik aktiviteyi) değiştirmek

a)      Sindirim sistemini teşvik eden enzimlerin üretimi (örneğin laktoz)

b)      Amonyak, amin veya toksik enzimlerin üretiminin azalması

c)      Bağırsak duvarının fonksiyonlarının iyileştirmesi

3) Bağışıklık sistemini iyileştirmek

a)      Antikor düzeyinin artması

b)      Makrofaj aktivitenin artması.