Hastanın hikayesinde kalın barsaktan olan kanama,birlikte olan ishal (kabız da olabilir) ve karın ağrısı ülseratif kolit olabileceği şüphesini doğurur.Yapılan dışkı ve kan tetkikleri ile barsak enfeksiyonu olmadığı anlaşıldıktan sonra teşhisi kesinleştirmek için kolonoskopi (veya önce rektoskopi) yapılması gereklidir.Kolonoskopi,kolonoskop adı verilen yumuşak,bükülebilir,ucundan ışık veren özel aletlerle,bu konuda özel eğitim görmüş doktorlar tarafından yapılır.Kolonoskopla makattan girilerek bütün kalın barsağın iç yüzeyi gözle görülerek incelenir.Hastalığa özel bulgular saptanır.Hastalığın şiddet derecesi ve barsaktaki yaygınlığı belirlenir. Kolonoskopi sırasında barsak mukazasından alınan minik bir parçanın (biyopsi) mikroskop altında incelenmesi ile teşhis kesinleştirilir.

Yine hastalığa ait bulguların saptanması amacıyla barsak filmi çekilir.Gerek barsak fşlmi gerekse kolonoskopi hastanın takibi sırasında doktorun gerekli gördüğü zamanlarda tekrarlanır.